Původně románský kostel s kapitulou byl připomínán již v roce 1238. Dnešní gotický kostel postavil biskup Jan z Dražic a arcibiskup Arnošt z Pardubic, jejichž erby jsou na průčelí. Kostel byl budován v letech 1310-1371. Na vnější části kostela se z velké části dosud udržel gotický ráz. Uvnitř byl chrám po roce 1733 zbarokizován, z té doby jsou i nádherné fresky na klenbách. Pocházejí od Václava Vavřince Reinera, který je v kostele i pohřben. Od tohoto autora pochází i obraz sv. Václava, který je pohřben v levé boční lodi před oltářem sv. Vincence. V letech 1364-1374 byl kostel Sv. Jiljí hlavním působištěm reformního kazatele Milíče z Kroměříže. V roce 1626 získal kostel řád dominikánů, který vedle postavil klášter. Znak řádu, pes s hořící pochodní v tlamě, je umístěn nad portálem na jižní straně kostela.
Kostel bývá otevřen v době konání bohoslužeb, volně přístupná je vstupní část za vchodovými dveřmi.